《黑衣人2》的故事生在《黑衣人1》的五年之后，在成功阻止虫族得到宇宙能源“银河系”之后，k选择了退休并放弃了所有关于黑衣人的记忆，而由他亲自挑选并培养出来的成为了黑衣人组织如日中天的高级成员，很可惜一直没有找到合适的搭档，没有人可以分担工作上的压力让他的情绪有些狂躁。
卡洛瑟星种族一直觊觎侵占萨塔星球，而萨塔之光则是萨塔星族守护自己星球的关键所在。25年前，萨塔星公主携带萨塔之光逃到了地球，为了避免地球卷入这场星际争斗，黑衣人k当着卡洛瑟星女王瑟琳娜的面射了一艘宇宙飞船，并谎称这艘飞船中承载着萨塔之光，最终骗得瑟琳娜为了追逐那艘飞船而离开了地球。25五年后，现自己上当得瑟琳娜再次造访地球，这一次不找到萨塔之光她不会善罢甘休，同时一名叫做劳拉的黑人女子也被卷入其中，并和产生了一种莫名的感情。为了了解事情的真相，并摧毁瑟琳娜的阴谋，势单力薄的不得不去寻找昔日的搭档k，为其恢复记忆，并再次携手为捍卫地球而战。
当k恢复记忆并说出事情真相的时候，无法接受，因为劳拉本身就是所谓的萨塔之星，她是萨塔星的精神领袖，而瑟琳娜就是想要将其挟持来达到占领萨塔星的目的。是守护赖以生存的地球，还是选择爱情，不得不在这两者之间做出选择……
每一次被传送进恐怖片世界之后，张程都会先看看这一次的新人和打量一下周围的环境，不过这一次他却迫不及待的查看手表中显示的任务，而其他中洲队员基本上也都是这个动作。
主线任务：阻止瑟琳娜将劳拉送到洛卡瑟星球，如果劳拉死亡或者乘坐以洛卡瑟星球为目的地的飞船离开地球，则任务判定为失败，中洲队全体抹杀。毁灭小队将在5天之后零点进入《黑衣人2》世界，杀死对方轮回小队未解开基因锁队员奖励d级支线剧情一个，1ooo点奖励点数；杀死对方轮回小队解开基因锁队员奖励级支线剧情一个，5ooo点奖励点数。本小队杀掉对方轮回小队一人积正一分，被对方轮回小队杀掉一人积负一分，最终分数乘以2ooo，将是最终所得奖励点数，如最终奖励点数为负则被抹杀。
看到手表中显示这一次的对手真的就是毁灭小队，张程的心中不由的一怔，中洲队的运气还真是有够糟糕，而且凑巧的是，恰恰上一次中洲队进入《黑衣人》世界的时候，也是遭遇了远强于自己的德洲队，并伤亡惨
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